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硕士论文查重通常不包含本科论文。硕士论文查重主要针对的是硕士论文和学术研究文章或论文，而本科论文一般不会被包含在内。
硕士论文查重系统在查重时通常不会直接涉及本科论文。这是因为硕士论文和本科论文之间的内容、结构、研究方法和创新性都有着明显的区别。因此，在进行硕士论文查重时，主要对象是同一领域或专业的硕士论文和学术研究文章或论文，而不是本科论文。
如果本科论文与一篇已发表的硕士论文数据一样，但内容不同，查重率也过了，这并不一定算抄袭。首先，抄袭是指未经授权或未经许可地复制、粘贴、引用或重写了他人的作品，且没有在文中进行适当的引用和标注。
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抄袭行为直接影响学术界的诚信和发展，破坏了学术界的公正和健康发展环境。因此对于学位论文公开发表中存在的抄袭行为，应严肃处理并给予相应的记过处分。篡改和伪造的学术不端行为：篡改是指对自己的研究成果进行非法的修改或改动，伪造是指制造虚假的研究数据或结果。
根据《学位论文作假行为处理办法》，对于学位申请人的学位论文购买、代写、抄袭、伪造数据等作假情形的，可以取消其学位申请资格，并视情节轻重，给予记过、留校察看直至开除学籍的纪律处分。影响未来研究：数据造假的行为可能会影响作者未来的研究机会。
，对于毕业后在我校工作的当事人，视抄袭程度、认错态度、产生的社会不良影响、对学校造成的损失等方面按相关程序给予通报批评、警告、严重警告、记过、撤职、开除留用或开除等处分。
警告：对于轻微或首次犯错的学术不端行为，可能会给予口头或书面警告，要求其改正错误并保证不再犯。 撤销资格：对于在申请研究项目、评奖评优等过程中发现的学术不端行为，可能会撤销其资格。 取消学位：对于在学位论文中发现严重学术不端行为的，可能会取消其学位。
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